Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát Nhân dân (KSND), Nguyễn Minh Hùng thông qua Võ mạnh Cường, mua một số thuốc tân dược xuất xứ Canada. Đến năm 2013, Hùng tiếp tục đặt Cường mua thuốc H-Capita 500mg mang nhãn mác của Công ty Helix Canada. Theo đó, hồ sơ đề nghị cấp phép phải có Giấy chứng nhận lưu hành tự do, Giấy chứng nhận thực hành tốt sản xuất thuốc, tiêu chuẩn và phương pháp kiểm tra chất lượng thuốc...Do đối tác không cung cấp đủ các giấy tờ nên Hùng chỉ đạo nhân viên làm giả hồ sơ trình Cục Quản lý Dược- Bộ Y tế cấp phép. Sau khi tiếp nhận hồ sơ của VN Pharma, Cục Quản lý Dược lập Tổ thẩm định và giao ông Nguyễn Tấn Đạt, làm Tổ trưởng. Sau khi các thành viên Tổ thẩm định đánh giá hồ sơ của VN Pharma đạt yêu cầu và đề xuất cho nhập, ngày 20/12/2013, Cục trưởng Cục Quản lý Dược- Bộ Y tế Trương Quốc Cường ký duyệt cho VN Pharma nhập 200.000 hộp thuốc H-Capita 500mg.

Khi VN Pharma nhập 9.300 hộp lưu tại kho, Cục Quản lý Dược nghi ngờ về nguồn gốc thuốc nên đã niêm phong, không cho xuất bán ra thị trường. Cơ quan chức năng xác định, số thuốc trên giả về nguồn gốc, xuất xứ, chất lượng và không dùng để chữa bệnh cho người.
Kết luận điều tra của Cơ quan CSĐT Bộ Công an xác định, Công ty Helix Canada không tồn tại và hoạt động trong lĩnh vực dược và các giấy tờ Võ Mạnh Cường cung cấp cho Nguyễn Minh Hùng là giả. Hùng còn chỉ đạo nhân viên nâng khống giá thuốc trên hóa đơn và dùng số tiền này để chi phí đấu thầu và bán thuốc. Nguyễn Minh Hùng và Ban giám đốc VN Pharma có chủ trương chi tiền để trình dược viên tiếp cận bác sĩ, dược sĩ phục vụ việc bán thuốc. Từ tháng 10/2014- 5/2015, VN Pharma đã chi 14,1 tỷ đồng cho hoạt động bán thuốc vào các bệnh viện. Tuy nhiên, đây là tiền nâng khống giá thuốc nhập khẩu nhưng không xác định được cụ thể lô thuốc nào do nâng khống hóa đơn, chứng từ, không thu được sổ sách ghi chép. Việc chi hoa hồng chỉ có lời khai của trình dược viên VN Pharma, không có tài liệu, chứng cứ chứng minh hành vi đưa tiền nên không đủ tài liệu kết luận về hành vi của các cán bộ, bác sĩ bệnh viện.

Các bị cáo tại phiên tòa

Tại phiên tòa sơ thẩm lần 2, các bị cáo bị thay đổi tội danh từ buôn lậu sang buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh. Tòa đã triệu tập gần 200 người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan trong vụ án. Dự kiến phiên tòa sơ thẩm kéo dài đến ngày 30/9/2019.