Thực hiện Nghị quyết số 77/NĐ-CP ngày 24/10/2014 của Chính phủ về thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động đối với các cơ sở giáo dục đại học công lập giai đoạn 2014-2017, đến nay đã có 13 trường đại học trực thuộc các Bộ, ngành Trung ương được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt đề án thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động. Cũng tại Hội nghị, lãnh đạo các trường ĐH đã nêu một số đề xuất khi gặp vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện:

1. Đề nghị có văn bản hướng dẫn cụ thể Nghị quyết 77 theo hướng tiếp tục giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao hơn cho nhà trường trong việc quyết định các mức chi phù hợp điều kiện cụ thể của trường, hướng dẫn về quản lí tài chính và hạch toán các nội dung có tính chất kinh doanh phát sinh tại các đơn vị sự nghiệp công gồm: Hoạt động liên doanh, liên kết, hoạt động đầu tư tại các đơn vị sự nghiệp tự chủ.

2. Đề xuất cần có chính sách miễn thuê thu nhập doanh nghiệp đối với nguồn thu lãi từ tiền gửi ngân hàng được sử dụng để lập quỹ hỗ trợ sinh viên, nguồn thu từ các hoạt động dịch vụ, từ các lớp đào tạo bồi dưỡng ngắn hạn nhằm tạo điều kiện cho các trường bổ sung nguồn thu đảm bảo nhu cầu chỉ tiêu nhằm nâng cao chất lượng đào tạo.

3. Đề nghị được ngân sách nhà nước đầu tư cho phát triển hoạt động khoa học công nghệ và đào tạo chuyên gia, được hỗ trợ tiếp cận các nguồn vốn ODA cho đầu tư phát triển. Cần có chính sách hỗ trợ lãi vay đối với các khoản vay của các tổ chức tín dụng để đầu tư xây dựng cơ sở vật chất.

4. Đề nghị bổ sung quy định về quản lí tài chính của các đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo toàn bộ kinh phí chi thường xuyên và chi đầu tư được thực hiện giống như doanh nghiệp nhà nước. Theo đó, Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp được quản lí như nguồn vốn nhà nước ngoài ngân sách.

5. Xem xét, nghiên cứu, áp dụng tỷ lện nhất định đối với các đội ngũ giảng viên, thỉnh giảng để làm căn cứ xác định chỉ tiêu tuyển sinh vì đội ngũ này đóng góp rất nhiều kinh nghiệm thực tế trong quá trình giảng dạy.

6. Năm 2015, công tác tuyển sinh dựa vào kết quả của kì thi Trung học phổ thông Quốc gia, việc xét tuyển vào ĐH chính quy như hiện nay khiến cho các trường ĐH thí điểm tự chủ gặp khó khăn trong công tác tuyển sinh. Điều này đòi hỏi các trường cần cân nhắc có phương án xét tuyển riêng, phù hợp với đặc điểm của ngành đào tạo. Đề nghị Bộ GD&ĐT có đơn vị chuyên môn đảm nhận cung cấp dịch vụ đề thi, tổ chức thi lấy kết quả nhiều đợt trong năm.

7.Đề nghị Bộ GD&ĐT sớm hoàn thành và công bố việc xếp hạng các trường ĐH để người học và xã hội thấy sự khác biệt giữa các trường từ đó đồng thuận mức thu học phí của các trường ĐH tự đảm bảo chi thường xuyên và chi đầu tư.

8.Các trường ĐH tự chủ được tự quyết định mở ngành, chuyên ngành đào tạo khi đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định của pháp luật. Tuy nhiên, các trường hiện nay còn gặp nhiều khó khăn về điều kiện cơ sở vật chất, đội ngũ giảng viên đối với các ngành, chuyên ngành mới. Đề nghị xem xét, cân nhắc, điều chính yêu cầu về trình độ tiến sĩ khi mở ngành mới trong quy định mở ngành.

10. Xác định chỉ tiêu tuyển sinh theo đầu ra thay vì đầu vào.

11. Đề nghị Chính phủ cho phép các trường kĩ thuật được tự chủ học phí trong  một số năm và tăng cường đầu tư về cơ sở./.