Thông tư gồm 7 chương, 45 điều, quy định về tổ chức và quản lý nhà trường; tổ chức hoạt động giáo dục; nhiệm vụ, quyền hạn của giáo viên, nhân viên; nhiệm vụ và quyền hạn của học sinh; quan hệ giữa nhà trường, gia đình và xã hội...

Trong đó, Thông tư quy định trường trung học thực hiện chương trình giáo dục phổ thông do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành; thực hiện khung kế hoạch thời gian năm học theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo phù hợp với điều kiện cụ thể của từng địa phương. Trên cơ sở đó, nhà trường xây dựng kế hoạch giáo dục để thực hiện chương trình giáo dục phổ thông.

Học sinh khuyết tật học hòa nhập được thực hiện kế hoạch giáo dục linh hoạt với khả năng của từng cá nhân và quy định về giáo dục hòa nhập dành cho người khuyết tật.

Sách giáo khoa sử dụng trong trường trung học do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo phê duyệt; UBND cấp tỉnh lựa chọn. Nhà trường hướng dẫn giáo viên, học sinh sử dụng sách giáo khoa theo quy định của pháp luật.

Về đánh giá kết quả học tập và rèn luyện của học sinh, Thông tư nêu rõ, việc kiểm tra, đánh giá học sinh theo quy định của chương trình giáo dục phổ thông, bảo đảm toàn diện, công bằng, trung thực, khách quan, coi trọng việc động viên, khuyến khích học sinh tiến bộ; đánh giá bằng nhiều phương thức, không so sánh học sinh này với học sinh khác và không gây áp lực cho học sinh, giáo viên, cha mẹ học sinh.

Học sinh học hết trung học cơ sở, đủ điều kiện theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo được Trưởng phòng Giáo dục và Đào tạo cấp bằng tốt nghiệp trung học cơ sở.

Học sinh học hết chương trình trung học phổ thông, đủ điều kiện theo quy định, được dự thi tốt nghiệp trung học phổ thông; nếu đạt yêu cầu được Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo cấp bằng tốt nghiệp trung học phổ thông.

Trường hợp hoàn thành chương trình học nhưng không dự thi tốt nghiệp hoặc thi tốt nghiệp không đạt yêu cầu, học sinh được hiệu trưởng nhà trường cấp giấy chứng nhận hoàn thành chương trình giáo dục phổ thông.

Về nhiệm vụ và quyền của học sinh, Thông tư quy định học sinh không được lưu ban quá 3 lần trong một cấp học. Học sinh có thể lực và phát triển sớm về trí tuệ có thể vào học trước tuổi hoặc học vượt lớp trong phạm vi cấp học.

Học sinh được tôn trọng, bảo vệ, được đối xử bình đẳng, dân chủ, được quyền khiếu nại với nhà trường và các cấp quản lý về những quyết định đối với bản thân.

Ngược lại, học sinh không được xúc phạm danh dự, thân thể của giáo viên, cán bộ, nhân viên nhà trường, người khác và học sinh khác; không sử dụng điện thoại di động, các thiết bị khác khi đang học tập trên lớp mà không phục vụ cho việc học tập và không được giáo viên cho phép...

Trong mối quan hệ giữa nhà trường, gia đình và xã hội, nhà trường phối hợp với chính quyền, đoàn thể tại địa phương, ban đại diện cha mẹ học sinh... thống nhất quan điểm, nội dung, phương pháp giáo dục giữa gia đình, nhà trường và xã hội; huy động các nguồn lực của cộng đồng chăm lo cho sự nghiệp giáo dục, góp phần xây dựng cơ sở vật chất, thiết bị giáo dục của nhà trường; xây dựng môi trường giáo dục an toàn, lành mạnh; ngăn chặn hoạt động có ảnh hưởng xấu đến học sinh...