Theo Sở Giao thông, ý kiến về việc mua bán "nốt" xe (cho phép xe chạy trên tuyến cố định) tại một số đơn vị vận tải đã gây hiểu nhầm trong dư luận xã hội về tiêu cực trong công tác quản lý nhà nước. Bởi một đơn vị vận tải thường có nhiều cổ đông, mỗi cổ đông là một nhà xe. Việc các nhà xe chuyển nhượng "nốt" xe, thay thế xe là việc nội bộ của doanh nghiệp. Cơ quan quản lý nhà nước không can thiệp vào phương án kinh doanh của đơn vị vận tải.

Với thông tin nhà xe Phú Quý, Nguyên Oanh của Nghệ An tăng xe vào bến Mỹ Đình sau năm 2013, qua kiểm tra, Sở Giao thông Hà Nội cho biết có 4 xe của các nhà xe này vào hoạt động tại bến Mỹ Đình thông qua hình thức thay xe, không phải xe mới được cấp phép vào bến. 

Sở Giao thông Hà Nội kiến nghị Bộ Giao thông sửa đổi Thông tư 63 với nội dung bỏ phê duyệt chấp thuận tuyến giữa hai tỉnh cho phù hợp với thực tế theo hướng giảm thủ tục hành chính.

Trước đó, dẫn lại phát ngôn của Bộ trưởng Đinh La Thăng trong cuộc họp với Hiệp hội Vận tải Việt Nam hôm 15/10 đã được đăng tải trên báo chí: “Có người nói với tôi, xin một "nốt" xe vào bến xe Mỹ Đình mất đến 500 - 600 triệu đồng”, Giám đốc Sở Giao thông vận tải (GTVT) Hà Nội Vũ Văn Viện đề nghị Bộ trưởng Thăng cung cấp thông tin cụ thể để Sở kiểm tra xác minh, báo cáo UBND TP và Bộ GTVT để xử lý nghiêm theo quy định.

Trong công văn gửi Bộ trưởng GTVT ngày 16/10, Giám đốc Sở GTVT Hà Nội Vũ Văn Viện cho rằng, riêng tại bến xe Mỹ Đình, nhiều năm qua UBND TP.Hà Nội đã chỉ đạo Sở GTVT, Tổng công ty Vận tải và Công ty cổ phần Bến xe Hà Nội không bổ sung tăng tần suất hoạt động các tuyến vận tải khách liên tỉnh đến và đi từ bến xe Mỹ Đình; đồng thời tăng cường chấn chỉnh các hoạt động kinh doanh vận tải như xử lý xe dù, bến cóc, các phương tiện cố tình vi phạm…

Ngay sau khi Sở GTVT Hà Nội có công văn gửi Bộ trưởng Đinh La Thăng , trao đổi với PV Dân trí, Luật sư Nguyễn Văn Hậu - Phó chủ tịch Hội luật gia TPHCM, cho rằng thông tin Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Đinh La Thăng nói về việc “chạy” 500 - 600 triệu đồng mới được một “nốt” ở Bến xe Mỹ Đình là một tin báo tố giác tội phạm. Thay vì xác minh ngay, Sở GTVT Hà Nội lại đang đánh đố Bộ trưởng Thăng bằng văn bản như vậy.

Luật sư Trần Vũ Hải - Giám đốc Công ty Luật Hà Nội, cũng cho rằng lẽ ra Sở GTVT Hà Nội nên tự rà soát lại quy trình cấp “nốt” xe vào Bến xe Mỹ Đình xem có bất cập hoặc có đơn thư tố cáo nào liên quan đến vấn đề mà Bộ trưởng Đinh La Thăng đã nói hay không, thay vì vội vàng gửi văn bản như vậy.

Theo luật sư Hải, thông tin Bộ trưởng Thăng đưa ra xuất phát từ phản ánh của doanh nghiệp vận tải, nếu Sở GTVT Hà Nội coi là “tin báo tố giác tội phạm” thì Sở GTVT Hà Nội nên cùng với Công an Hà Nội phối hợp với Bộ GTVT tiến hành xác minh, điều tra tố giác đó. Trong quá trình đó phải tuyệt đối giữ bí mật danh tính doanh nghiệp đã phản ánh chuyện này và cũng không nên công khai việc điều tra xác minh này cho báo chí cho đến khi có kết luận việc xác minh./.