Trong bối cảnh Việt Nam đang nỗ lực tái cấu trúc nền kinh tế, nâng cao giá trị gia tăng và năng lực cạnh tranh của ngành nông nghiệp trên thị trường toàn cầu, thì những rào cản từ chính sách thuế, đặc biệt là thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với nông sản chưa qua chế biến, đang trở thành lực cản không nhỏ.

Ách tắc từ chính sách: Thuế thấp nhưng rủi ro cao

Theo quy định mới của Luật, phần lớn các loại nông sản chưa qua chế biến được xếp vào diện chịu thuế GTGT 5%. Về mặt nguyên lý, doanh nghiệp khi mua nông sản từ nông dân (không có hóa đơn đầu vào) vẫn phải kê khai đầu ra có thuế và được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào. Quan điểm áp thuế cho các loại nông sản chưa qua chế biến này, được cho là để xóa vùng xám chính sách.

Tuy nhiên, thực tế triển khai cho thấy quá trình hoàn thuế gặp vô vàn khó khăn. Nhiều doanh nghiệp xuất khẩu phản ánh, dù tuân thủ đủ hồ sơ, chứng từ, nhưng vẫn bị cơ quan thuế "hỏi tới hỏi lui", thậm chí bị thanh tra, kiểm tra nhiều lần vì nghi ngờ “hóa đơn khống”, “đầu vào không minh bạch” thậm chí lại phát sinh khó khăn hơn nữa khi bị khóa MST khi nghĩa vụ nộp thuế chưa hoàn thành dù khoản thuế còn nợ hoặc chưa đóng thuế với giá trị nhỏ. Nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn trong việc hoàn thuế bị kéo dài hàng tháng, gây áp lực lớn tới dòng tiền của doanh nghiệp – đặc biệt với các doanh nghiệp vừa và nhỏ vốn có khả năng dự trữ tài chính hạn chế..

Hiện đã có nhiều Hiệp hội như VPSA, VASEP và Hiệp hội Lương thực Việt Nam gửi văn bản khẩn kiến nghị Chính phủ và Bộ Tài chính tháo gỡ, vì cơ chế “nộp trước – hoàn sau” đang gây tắc vốn mà vẫn không đảm bảo công bằng thuế. Áp dụng những nguyên tắc thuế máy móc có thể nói đang là gánh nặng cho doanh nghiệp và nông dân, gây trì trệ đối với những ngành hàng xuất khẩu chủ lực.

Nông dân chịu thiệt, doanh nghiệp mất cơ hội

Khi doanh nghiệp gặp khó khăn tài chính do vướng mắc hoàn thuế, điều đầu tiên họ phải làm là thu hẹp quy mô mua hàng hoặc giảm giá thu mua để bù lại phần chi phí vốn bị đội lên. Điều này ảnh hưởng trực tiếp đến thu nhập của nông dân – những người vốn đã chịu nhiều rủi ro từ biến động thị trường, thời tiết và chi phí đầu vào tăng cao.

Đồng thời, trong môi trường cạnh tranh quốc tế, khi các nước như Thái Lan, Indonesia hay Ấn Độ đều có chính sách miễn thuế GTGT với hàng nông sản xuất khẩu, thì Việt Nam với quy trình thuế phức tạp lại trở nên kém hấp dẫn. Chi phí tài chính cao hơn, rủi ro lớn hơn, thời gian giao hàng chậm hơn – tất cả những yếu tố này đều khiến doanh nghiệp Việt Nam mất điểm trên thị trường quốc tế, đặc biệt trong các lĩnh vực như gạo, cà phê, hồ tiêu, trái cây tươi hay thủy sản – những ngành quan trọng với tăng trưởng xuất khẩu. Bối cảnh thuế quan hiện tại, càng khiến doanh nghiệp khó khăn khi không thể chuyển thuế cho phía người mua, đội giá hàng bán, thiệt hại khả năng nắm bắt và chiếm lĩnh thị phần xuất khẩu và tỷ trọng kim ngạch “made in Vietnam”.

Cấp thiết tháo gỡ rào cản từ chính sách

Theo Chiến lược phát triển nông nghiệp và nông thôn bền vững giai đoạn 2021-2030, tầm nhìn đến 2030, Việt Nam đặt mục tiêu cụ thể đến năm 2030 tốc độ tăng trưởng GDP nông lâm thủy sản đạt bình quân từ 2,5 - 3%/năm, tốc độ tăng năng suất lao động nông lâm thủy sản đạt bình quân từ 5,5 - 6%/năm. Nhưng nếu chính sách thuế vẫn gây nghẽn mạch lưu thông tài chính trong chuỗi sản xuất – tiêu thụ – xuất khẩu thì mục tiêu này sẽ khó thực hiện.

Bên cạnh đó, trong bối cảnh nước ta đang thực hiện các đột phá chiến lược về khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số, trong đó Nghị quyết số 57-NQ/TW, Nghị quyết 66-NQ/TW, đã xác định rất rõ vai trò trung tâm của khoa học, công nghệ và dữ liệu số trong quản trị phát triển nông nghiệp, thì lạm dụng thuế để định hướng điều tiết thị trường trong tình huống không phát huy chức năng thu ngân sách (do có hoàn thuế) càng không phù hợp. Vì vậy, cần có sự điều chỉnh ở cả cấp thể chế và thực thi:

Thứ nhất, đối với nông sản chưa qua chế biến phục vụ xuất khẩu, nên áp dụng chính sách không chịu thuế GTGT (0%) thay vì chịu thuế 5% và hoàn thuế sau – nhằm giải phóng dòng tiền ngay từ đầu cho doanh nghiệp.

Thứ hai, cải cách thủ tục hoàn thuế theo hướng tự động, minh bạch, có phân loại doanh nghiệp theo mức độ rủi ro để giảm thanh kiểm tra tràn lan, chồng chéo.

Thứ ba, cho phép hóa đơn điện tử hoặc sổ ghi chép điện tử của hợp tác xã/nông hộ được công nhận làm căn cứ kê khai đầu vào – nhằm phản ánh đúng thực tế sản xuất và tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp khi thu mua nguyên liệu trong dân.

Thứ tư, cần có cơ chế phối hợp giữa Bộ Tài chính – Bộ Nông nghiệp và Môi trường – Bộ Công Thương để rà soát và đề xuất danh mục nông sản không cần áp thuế hoặc được ưu tiên xử lý thuế nhanh.

Trong cuộc cạnh tranh toàn cầu và áp thuế của Mỹ với các sản phẩm của Việt Nam trong đó có nông nghiệp do vậy chính sách cần đi trước, đồng hành và hỗ trợ doanh nghiệp – thay vì tạo thêm “nút thắt cổ chai” từ những chi tiết tưởng như nhỏ như thuế GTGT. Nếu không thay đổi kịp thời, Việt Nam có nguy cơ tụt hậu trong chuỗi giá trị nông nghiệp toàn cầu, dù có lợi thế đất đai, lao động và tiềm năng xuất khẩu.